Realizzato da Paul Scharff, coadiuvato da studiosi e esperti locali (in particolare, Daria Banchieri e Gaspare Morgione), il sigillo dell'Ateneo, in colore verde su sfondo bianco a richiamare la ricca vegetazione del territorio insubre, è la stilizzazione di due corsi d'acqua confluenti, dai quali prende vita il fiume centrale che taglia e unisce le due aree lacustri e fertilizza la terra circostante.

L'idea alla base del sigillo deriva da due reperti archeologici con motivo meandrospirale: una pintadera, una sorta di timbro usato a scopo rituale, proveniente dall'Isolino Virginia, sul lago di Varese, e una presa con volto umano, rinvenuta a Montano Lucino, in provincia di Como.

La spirale, simbolo delle fiamme e del fuoco secondo i Celti, ma anche del movimento delle acque, rappresenta la dinamicità di un Ateneo giovane e moderno.